Фамилия Калюкина — женская форма фамилии Калюкин. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или нецерковному имени Калюка, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «калюка». В разных говорах у него несколько значений: так могли назвать извилистую речку, кривую линию, хитреца или изворотливого человека, а в некоторых местах — попросту клюку, то есть палку с загнутым концом. Наиболее вероятный источник — прозвище человека не прямого, умеющего обходить препятствия или, напротив, хромого, опирающегося на клюку.

Модель образования фамилии характерна для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калюкин означает «сын Калюки». В этом плане фамилия стоит в одном ряду с такими распространёнными, как Кузьмин или Ильин, но с той разницей, что в основе лежит не церковное имя, а мирское прозвище.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «калюка» — это ещё и разновидность рыбы (например, мелкий сиг или пескарь). В этом случае фамилия могла закрепиться за рыбаком или живущим у такой реки. Однако такое толкование менее распространено, чем антропонимическое, то есть связанное с чертой характера или внешностью человека.

Двойное «к» в корне — не опечатка и не ошибка. В фамилии Калюкин ударение обычно падает на второй слог, на «ю», хотя в отдельных говорах возможен перенос на «и». Вариант с одним «к» (Калюкин от имени Каля) тоже существует, но это уже другая, хоть и очень похожая фамилия.

Поскольку фамилия не относится к числу дворянских или купеческих, её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Точных сведений о сословной принадлежности первых Калюкиных нет, но в переписных книгах XVII–XVIII веков подобные фамилии встречаются в основном среди земледельцев и ремесленников.