Фамилия Калюжена — редкий случай, когда географический акцент сохранился прямо в окончании. Это не типичная русская форма на -ов или -ин, а украинская или южнорусская патронимическая модель, где суффикс -ен(а) указывает на принадлежность: «чей?» — Калюжен, «чья?» — Калюжена. Изначально так могли назвать жену или дочь человека по прозвищу Калюга, а затем фамилия закрепилась за целым родом в неизменной форме.

Основа фамилии — украинское слово «калюга», то есть лужа, грязь, топкое место. Прозвище Калюга в старину давали человеку, который жил у болота или грязной дороги, либо тому, кто постоянно ходил неопрятным, забрызганным. В ономастике это типичный пример «топонимического» прозвища по месту обитания — таких много в сёлах Полесья, Слобожанщины и Поднепровья, где сырая низина была характерной приметой двора.

Словообразовательная цепочка проста: калюга → Калюга (прозвище) → Калюжен (сын или работник Калюги) → Калюжена (закреплённая форма рода). Встречается также вариант Калюжный, но суффикс -ен(а) заметно реже — он типичен для восточных областей Украины и приграничных районов России (Белгородчина, Воронежчина). Там же, кстати, бытуют однокоренные фамилии Калюжный, Калюжко, Калюжан.

Говорить о дворянском происхождении этой фамилии не приходится: она почти наверняка крестьянская. В переписях XVIII–XIX веков Калюжены встречаются среди государственных и помещичьих крестьян Харьковской, Полтавской и Курской губерний. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого люда, привязанная к сырой земле и будничному прозвищу.