Фамилия Канафоцька — редкий случай, когда географическое происхождение прослеживается почти наверняка, а вот с основой всё сложнее. Это женская форма фамилии, образованная по восточнославянской модели: мужская — Канафоцький, женская — Канафоцька. Такое окончание характерно для фамилий польского или украинского происхождения, особенно с западноукраинских и белорусских земель, где суффикс -цьк- (от -цк-, восходящего к польскому -cki) был распространён.

Корень «Канафо-» не имеет прямого и очевидного значения в русском, украинском или польском языках. Самая вероятная версия — что это прозвище или профессиональное имя, связанное с тюркскими заимствованиями. В тюркских языках есть слово «канаф» (или «канап») — конопля, пенька. Отсюда могло возникнуть прозвище Канафот — человек, который обрабатывал коноплю, вил верёвки или торговал пенькой. Суффикс -оцьк- в таком случае указывает на принадлежность: «сын Канафота» или «родом от Канафота». Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к диалектному украинскому «канафа» — канава или ров, но тогда фамилия звучала бы как Канавський.

Фамилия Канафоцька — штучная, не массовая. Её носительницы, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл на западе Украины (Волынь, Подолье) или в юго-восточной Польше. Встречаемость крайне низкая: в современных базах данных фамилия практически не фиксируется, что говорит либо о её вымирании, либо о том, что большинство носителей сменили фамилию или эмигрировали. По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами или мещанами — дворянские фамилии с таким суффиксом обычно имеют более прозрачную этимологию (от названий имений). Здесь же основа указывает на ремесло или прозвище, что типично для непривилегированных слоёв.

Есть и альтернативная, но слабая версия: Канафоцька может быть искажением фамилии Канафейська (от имени Канафей, редкого канонического имени). Однако в православных святцах такого имени нет, а в католических — не зафиксировано. Поэтому версия с тюркским «канаф» и ремеслом остаётся основной. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всех Канафьев (русская, от того же корня) и Канафоцкий (польский вариант).