Фамилия Канарейкин — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «канарейка» — певчая птица. Прозвище Канарейка могли дать человеку со звонким, чистым голосом, похожим на птичье пение. Реже так называли за внешнее сходство: яркую одежду, жёлтый цвет волос или щуплое телосложение.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Канарейкин буквально значит «сын Канарейки» или «человек из семьи Канарейки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. По тому же принципу сложились Соловьёв, Воробьёв, Соколов, но в них использован суффикс -ов, так как основы оканчивались на согласный.

Существует и вторая версия: Канарейка могло быть мирским именем. В дохристианской и раннехристианской традиции детям давали имена по названиям животных, растений, птиц — чтобы природа «приняла» ребёнка и передала ему свои качества. В этом случае имя должно было наделить мальчика певучестью, лёгкостью или заметностью. Эта практика была особенно распространена в северных и центральных губерниях России вплоть до XVII века.

География фамилии Канарейкин не слишком широка. Она встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, единичные носители зафиксированы в Сибири. Фамилия не относится к частым, что говорит о локальном происхождении прозвища — возможно, оно закрепилось в одной или нескольких соседних деревнях.

О точном времени возникновения судить трудно: письменные источники фиксируют фамилию не раньше XVIII века, но сама модель образования (прозвище + -ин) активно работала уже в XV–XVI веках. В любом случае, Канарейкин остаётся памятником живого народного словообразования, где прозвище, данное за голос или внешность, со временем закрепилось за целым родом.