Фамилия Канарейко — один из тех случаев, где прозвище или профессия предка застыли в суффиксе. Основа здесь, вопреки возможной догадке, почти наверняка не связана с птицей канарейкой в её современном значении. Скорее всего, в основе лежит украинское или белорусское прозвище «Канарей» или «Канара». В южнорусских и малороссийских говорах так могли называть человека с жёлтым, как у канарейки, цветом волос или очень звонким, высоким голосом. Но есть и вторая, более бытовая версия: «канарейкой» в XIX веке называли извозчика на лёгком, часто дешёвом экипаже — прозвище, данное по роду занятий.

Суффикс -ко характерен для украинской и белорусской ономастики. Он выполняет роль уменьшительности или, чаще, указывает на происхождение: «чей?» — Канареев, но в западнорусской традиции — Канарейко, то есть «сын Канарея» или «маленький Канарей». Такие фамилии на -ко массово фиксировались в Поднепровье, на Черниговщине и Полтавщине, откуда с переселением казаков и крестьян распространились на Кубань и юг России.

Интересно, что в польском языке существует фамилия Kanarek, которая могла дать ту же основу, но с другим суффиксом. В русском же варианте написание через «е» (Канарейко, а не Канарайко) закрепилось под влиянием книжного произношения слова «канарейка». Таким образом, предок современного носителя фамилии мог быть либо светловолосым и голосистым человеком, либо простым извозчиком в городе — и то, и другое даёт живую картину быта XIX века.

Сословно фамилия не аристократическая. Канарейко встречается в ревизских сказках среди мещан и государственных крестьян южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.