Фамилия Канищенко — яркий пример южнорусской и украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. В данном случае основа — Канищ(а). Это не полное христианское имя, а скорее прозвище или производное от канонического имени.

Самая вероятная версия: Канищенко — это «сын Канища», а Канища — разговорная форма имени Каллиник (от греческого «добрый победитель»). В украинской и белорусской народной традиции имя Каллиник переделывали в Канище, Канич, Каник. Суффикс -ищ- в украинских прозвищах часто придавал оттенок либо увеличения (большой, заметный), либо принадлежности (чей-то). То есть Канища могло означать «большой Каллиник» или просто «тот, кого зовут Каллиник».

Менее распространенная, но возможная версия: фамилия могла произойти от прозвища Канища, связанного с диалектным словом «каниться» (медлить, тянуть время) или «канитель» (пустое занятие). Однако для фамилий с суффиксом -енко более типично образование от личных имен, а не от глагольных основ. Поэтому версия с именем Каллиник выглядит убедительнее.

Географически фамилия Канищенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкасщина, Слобожанщина), откуда в XIX–XX веках носители переселялись на Кубань и в южные губернии России. В сословном отношении предки скорее всего были казаками или крестьянами: фамилии на -енко в этой среде были массовыми, а дворянские роды с такой моделью редки и обычно документированы.

Написание фамилии устойчивое: Канищенко, с двумя «н» в корне (от Канища + -енко). Вариант Канищенко с одной «н» встречается, но ошибочен: в украинской орфографии удвоение не передается, но в русской фамилии закрепилось через букву «и» и двойное «н» как следствие произношения.