Фамилия Канищев в большинстве случаев — фонетический вариант фамилии Конищев. В старину прозвище Конь было широко распространено, и от него через форму Конище (с увеличительным или пренебрежительным суффиксом -ищ-) и образовалась фамилия. Звук «о» в безударном положении часто переходил в «а», что и закрепилось на письме.

Есть и другая версия: прозвище Канище могло произойти от слова «каня» — в некоторых говорах так называли безотвязного попрошайку или клянчу. Это объяснение менее вероятно, но тоже имеет право на существование, поскольку прозвища по поведению давали не реже, чем по сходству с животными.

Третья гипотеза — происхождение от канонических имён Конон, Кандид, Никандр или Никанор. В этом случае Канище — одна из множества народных сокращённых форм, которые давали в быту. Но для этой версии нет надёжных подтверждений в источниках.

Известен русский дворянский род Канищевых, который восходит к началу XVII века. Одна ветвь ведёт начало от Александра Дмитриевича, пожалованного вотчиной в 1614 году. Другая — от Ивана Меркуловича Канищева, который был стольником и полковником московских стрельцов в 1696 году. Род внесён в VI часть родословных книг Костромской, Московской и Ярославской губерний. Это означает, что предки носителей фамилии могли принадлежать к старинному дворянству, а не к крестьянскому или мещанскому сословию.

Суффикс -ев указывает на модель образования от прозвища или имени на мягкий согласный (Канищ → Канищев). Такая модель типична для русских фамилий, возникших в среде служилых людей и помещиков. География рода — центральные губернии России, что совпадает с зоной распространения говоров, где «о» переходило в «а» в безударной позиции.