Фамилия Конищев — классический пример русской фамилии, образованной от прозвища через патронимический суффикс -ев. Основа здесь — прозвище Конище. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Конищев» буквально означает «сын Конища» или «потомок Конища». Такая модель — одна из самых распространённых в русской ономастике, наравне с -ов и -ин.

Прозвище Конище было весьма распространено в старину. Его основа — слово «конь», но с увеличительным суффиксом -ищ-. В древнерусском языке суффикс -ищ- мог придавать слову не только значение большого размера («большой конь»), но и оттенок пренебрежения или шутки. Соответственно, Конищем могли назвать человека, который либо владел крупными, сильными конями, либо, напротив, имел дело с плохими, «коняками», либо просто был рослым и крепким, как конь. Не исключён и ироничный подтекст: прозвище могли дать невысокому человеку в насмешку.

Первое документальное упоминание фамилии относится к началу XVII века. В труде историка С. Б. Веселовского записан Конищев Федор, слуга Троицкого монастыря, 1613 год. Эта запись ценна сразу с нескольких сторон. Во-первых, она показывает, что фамилия уже бытовала в центральной России (Троицкий монастырь — ныне Троице-Сергиева лавра под Сергиевым Посадом). Во-вторых, статус «слуга» в монастыре — это не крепостной крестьянин, а человек, выполнявший административные или хозяйственные поручения. Значит, родоначальник Конищевых мог быть не рядовым землепашцем, а монастырским служкой или управляющим.

Словообразовательная модель фамилии типична для северных и центральных русских говоров, где прозвища на -ище были особенно популярны. В южных регионах чаще использовали суффикс -ик (Коников), а в западных — -ук (Конюк). Таким образом, фамилия Конищев — это маркер определённой диалектной зоны и социального слоя XVI–XVII веков. Потомок человека, обладающего прозвищем Конище, со временем получил фамилию Конищев, и она закрепилась в роду.