Фамилия Канищева почти наверняка — фонетический вариант фамилии Конищев. В русских говорах «о» часто переходило в «а» под ударением или без него, особенно в южных и центральных регионах, поэтому обе формы надо рассматривать как родственные. Основа — прозвище Конь, одно из самых частых в допетровской Руси: его давали либо за силу и выносливость, либо за внешнее сходство с конём. Суффикс -ище в прозвище Конище указывает на крупный размер или пренебрежение: буквально «большой конь» или «коняка». От этого прозвища через притяжательное прилагательное (чей? — Конищев) и образовалась фамилия.

Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище Канище связывают со словом «каня» — так в некоторых говорах называли безотвязного попрошайку, клянчу. В этом случае фамилия отражала бы не лестную черту характера предка. Третья гипотеза — что Канище это уменьшительная форма от канонических имён Конон, Кандид, Никандр или Никанор. Но она слабее: у этих имён были свои устойчивые сокращения (Каня, Коноша, Ника), а форма Канище для них нетипична.

Что делает фамилию Канищева не рядовой — её дворянская история. Известен русский дворянский род Канищевых, восходящий к началу XVII века. Родоначальник одной ветви, Александр Дмитриевич, получил вотчину в 1614 году. Другой предок, Иван Меркулович Канищев, в 1696 году числился стольником и полковником московских стрельцов. Род внесён в VI часть родословных книг Костромской, Московской и Ярославской губерний — это древнее столбовое дворянство, которое доказывало своё благородное происхождение до 1685 года. Таким образом, потомок человека с прозвищем Канище или Конище со временем стал дворянином и передал фамилию по наследству.