Фамилия Каннуникова, скорее всего, образована от прозвища Канунник. Основа здесь — слово «канун». В древнерусском языке у него было два основных значения: время перед праздником (канун Рождества, канун Пасхи) и церковное поминальное блюдо — кутья или особый хлеб, который приносили в храм для поминовения усопших.

Если предок получил прозвище по первому значению, речь могла идти о человеке, родившемся или крещённом накануне большого церковного праздника. Но гораздо правдоподобнее вторая версия: Канунником называли того, кто имел отношение к кануну — либо пёк и продавал поминальный хлеб, либо прислуживал в церкви и принимал приношения. Это ремесленное или церковнослужительское прозвище, а не случайное.

Суффикс -ик в основе (Канунник) указывает на лицо по действию или роду занятий, а типичный русский суффикс -ов/-ев в окончании фамилии (Канунников) означает принадлежность: «сын Канунника». Фамилия Каннуникова с удвоенной «н» — это, скорее всего, поздний орфографический или диалектный вариант. В говорах, где «канун» произносили с двойным «н» (канунный), прозвище тоже могли записать с удвоением, а затем закрепить в паспорте.

Редкий суффикс -ик (а не -ник) в некоторых фамилиях мог давать вариант Кануников, но форма с «нн» встречается чаще. Социально фамилия недворянская: она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища по ремеслу были нормой. Географически корни стоит искать в северных и центральных губерниях России, где церковные традиции были особенно сильны, но точное гнездо расселения Каннуниковых не установлено.

По сути, носительница фамилии Каннуникова — потомок человека, которого в округе знали по связи с поминальным обрядом: либо как церковного служку, либо как мастера, готовившего ритуальное угощение.