Фамилия Кануниковы, как и многие русские фамилии, образована от личного имени или прозвища. В основе лежит слово «канун». В данном случае — это мирское имя Кануник или прозвище Кануник.

Самая прямая версия: имя Кануник давали ребёнку, родившемуся в канун большого церковного праздника. «Канун» в церковном обиходе — это и молебен, и празднование накануне дня памяти святого, особенно в начале или по окончании полевых работ. Но у слова «канун» есть и бытовые, очень конкретные значения, которые могли лечь в основу прозвища. В разных говорах кануном называли освящённые продукты: в курских — мёд, освящаемый в пятницу первой недели Великого поста; в вологодских — туес (берестяной бурак) с пивом, который несли в церковь к празднику; в костромских — сладкое медовое пиво, что ставили за всенощную к иконе Николая Чудотворца.

Исходя из этого, прозвище Кануник могло закрепиться за человеком по разным причинам. Может быть, за тем, кто хорошо варил это самое праздничное пиво или мёд. А могло — за завсегдатаем пиров и гуляк, то есть за тем, кто хорошо знал вкус кануна. Обе версии ведут к одной фамилии: потомка человека по имени или прозвищу Кануник стали звать Кануниковым.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно: фамилии на Руси складывались долго и неравномерно. Но ясно, что корень у неё не служебный и не книжный, а живой, народный, связанный с крестьянским бытом, церковным календарём и местными традициями.