Фамилия Кантуганов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд, в ней слышен тюркский корень, и это верное направление. Разбираем словообразовательную модель. Основа «Кантуган» (или «Кантуган») плюс русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду: «сын Кантугана». Значит, фамилия образована от личного имени или прозвища Кантуган.

Ключевой вопрос — что означает само имя Кантуган. Здесь возможны две версии, и обе рабочие, но с разной степенью вероятности.

Первая, самая прямая: сложение двух тюркских основ. «Кан» (qan) — кровь, а «туган» (tuğan) — рождённый, родной. В сумме «кровный родственник», «единокровный». Это могло быть именем, данным ребёнку, чтобы подчеркнуть его кровную связь с родом, или прозвищем, закрепившимся за человеком, который был приёмным, но считался «своим по крови». В тюркской антропонимии такие составные имена встречаются, хотя «Кантуган» не входит в число самых частых.

Вторая версия — топонимическая. Имя или прозвище могло быть образовано от названия местности. В Башкортостане, например, есть деревня Кантуган (в Кугарчинском районе). Переселенцы из таких мест нередко получали фамилию по названию родного села. В этом случае «Кантуган» — не описание человека, а указание на его географическое происхождение. Эта версия выглядит правдоподобнее, потому что фамилии, образованные от названий сёл, — обычное дело для Поволжья и Урала.

Географически фамилия Кантуганов тяготеет к Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Это зона расселения башкир и татар, что подтверждает тюркское происхождение. Суффикс -ов (а не, скажем, -ин) — стандартный для фамилий, возникших в русской языковой среде от тюркских основ. Носители фамилии — потомки башкир, татар или мишарей, которые к XVIII–XIX векам, при переходе к фамилиям, получили запись по отцу: сын Кантугана стал Кантугановым.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Кантуган не было массовым. Скорее всего, это локальное имя или топоним, не вышедший за пределы небольшой территории. Встречаются варианты написания с одной «н» (Кантуганов), но это, скорее всего, результат ошибок в документах, а не отдельная ветвь.