Фамилия Контуганов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её, нужно разобрать не только корень, но и суффикс: -анов — это вариант суффикса -ов, который присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. В данном случае основа — Контуган. Это указывает на то, что фамилию образовали от прозвища или некалендарного имени Контуган.

Самая вероятная версия связывает эту основу с тюркскими языками. В них есть слово «конту» или «кунту» — «куница», а также «контуган» может означать «куний», «тот, кто имеет отношение к кунице» или даже «рождённый в год куницы». В прошлом у многих народов Поволжья и Сибири (татар, башкир, казахов) были распространены прозвища от названий зверей: они могли указывать на ловкость, хитрость, богатство мехом или быть тотемным именем. Вполне возможно, что предок Контугановых получил такое прозвище за охотничью удачу или внешнее сходство с этим зверьком.

Вторая, менее очевидная версия, — связь с диалектным словом «контузить» (в смысле «ударить», «оглушить»). Тогда Контуган могло быть прозвищем драчуна или человека с тяжёлой рукой. Однако для русского прозвища форма на -ган нетипична; она характерна именно для тюркских языков, поэтому версия с куницей предпочтительнее.

Географически фамилия Контуганов тяготеет к южному Уралу и Оренбуржью — регионам, где веками смешивались русские и тюркские традиции. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или казаками, а сама фамилия оформилась в XVII–XIX веках, когда тюркские прозвища русифицировали с помощью суффикса -ов.

В написании фамилии встречается вариант Контуганов с буквой «о» в первом слоге, что отличает её от возможных омонимичных форм (например, Кунтуганов). Ударение, судя по тюркскому корню, падает на последний слог: Контуга́нов.