Фамилия Кунтуганов — редкая, с прозрачной, но неочевидной на первый взгляд основой. Она образована по стандартной русской модели отчества: к тюркскому имени или прозвищу добавили русский суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй или третий слог: Кунтугáнов или Кунтугáнов.

Корень фамилии — «кунтуган». Скорее всего, это сложное тюркское имя. Первая часть, «кун» (кюн, гюн), у многих тюркских народов означает «солнце» или «день». Вторая часть, «туган», переводится как «рождённый» или «родной». Таким образом, Кунтуган — это «рождённый солнцем» или «солнечный ребёнок». Такие имена-пожелания были популярны: они должны были подарить ребёнку светлую судьбу, здоровье и удачу. Встречаются варианты Кунтувган, Кунтувганов — это диалектные особенности произношения, которые не меняют сути.

Есть и другая, менее романтичная версия. В некоторых тюркских языках «кунтуган» могло быть прозвищем. Например, от «кун» (невольник, раб) и «туган» (рождённый) — «рождённый от рабыни». В контексте кочевых обществ это указывало на происхождение, но не обязательно на низкий статус самого носителя прозвища. Однако первая версия — с «солнцем» — встречается в ономастических работах по татарским и башкирским фамилиям гораздо чаще и считается основной.

Носители фамилии Кунтуганов исторически связаны с волго-уральским регионом. Это типичная фамилия для татар, башкир, а также для мишарей. В XIX веке такие фамилии закреплялись за крестьянами и торговцами, реже — за служилыми людьми. Встречается фамилия и у казахов, но там она бытует в форме Кунтуганов или Кунтувганов, и её основа — то же самое имя Кунтуган.

Словообразовательная модель здесь классическая: тюркское личное имя Кунтуган + русский патронимический суффикс -ов. Это говорит о том, что предок носителя фамилии — человек по имени Кунтуган. Его сын стал записываться как Кунтуганов (то есть «сын Кунтугана»), и это отчество со временем закрепилось как фамилия. В отличие от фамилий на -ин или -ский, суффикс -ов в этом случае не даёт никакой дополнительной сословной информации — он просто самый массовый в русской фамильной системе.