Фамилия Кунтин — редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа скорее всего лежит за пределами славянского именослова, и чтобы понять её, стоит пойти не от суффикса, а от корня.

Корень «кунт-» нехарактерен для исконно русских прозвищ или имён. Первое, что приходит в голову, — связь с немецкой фамилией Kuntin, которая является вариантом фамилии Kuhn или Kunz. В немецкой ономастике Kuhn — это краткая форма имени Konrad (Конрад), означающего «отважный советник». Суффикс -in в немецком языке мог указывать на принадлежность или происхождение (как, например, Berlin — от славянского «берл»). Таким образом, Kuntin могло означать «потомок Куна» или «человек из рода Куна». Если предки носителя фамилии были выходцами из немецких колоний или Прибалтики, эта версия самая прямая.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — финно-угорский след. В карельском и вепсском языках есть слово «kunta» — «община, волость». В таком случае Кунтин могло быть прозвищем человека, приписанного к какой-то общине, или жителя определённой местности. Однако для фамилий в русском контексте такая модель встречается редко, и суффикс -ин здесь был бы уже русским, указывающим на принадлежность: «сын человека из общины».

Фамилия Кунтин не входит в списки дворянских родов, не упоминается в старых боярских книгах. Встречается она в основном на северо-западе России, в Ленинградской области и Карелии, а также в Сибири — куда переселенцы из Прибалтики и немцы Поволжья попадали в XIX–XX веках. Сословно предки Кунтиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а сама фамилия закрепилась относительно поздно, в XVIII–XIX веках, когда начался массовый учёт населения.

Ударение в фамилии, судя по аналогии с фамилиями на -ин, падает на первый слог: Ку́нтин. Встречается и вариант с ударением на последний слог — Кунти́н, что может указывать на западное (польское, украинское) происхождение, но для этой фамилии такое ударение нетипично.