Фамилия Кунту — редкая для русской ономастики, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В русском языке нет слова «кунту» в качестве нарицательного, а суффикс -у (вместо привычных -ов, -ин или -ский) сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или кавказского корня, попавшая в русский обиход через межнациональные контакты.

Самая вероятная версия ведёт к тюркскому слову «кунту» (или «кунды»), которое в разных диалектах может означать «бобр» или «выдра». В тюркских языках звериные прозвища были распространённым источником личных имён и фамилий: человека могли прозвать Кунту за ловкость, внешнее сходство или род занятий (охотник на пушного зверя). В пользу этой версии говорит и то, что у народов Северного Кавказа, например у кумыков или ногайцев, встречаются фамилии с похожей основой — Кунтуганов, Кунтуев.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с румынским или молдавским словом «cunt» (устар. «счёт, подсчёт»). Если предок был писарем, счетоводом или сборщиком податей, его могли прозвать Кунту — «счётчик». Однако эта версия слабее: в молдавских фамилиях чаще встречается суффикс -еску или -ан, а глухое окончание -у характерно именно для тюркских языков.

В русских документах фамилия Кунту встречается крайне редко, в основном в южных регионах — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Крыму. Это совпадает с зонами активных контактов с тюркским населением. Носители фамилии могли быть потомками крещёных татар, казаков, перенявших прозвище от соседей, или переселенцев с Кавказа. Сословной привязки нет: Кунту могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — фамилия не даёт подсказки о социальном статусе.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от прозвища напрямую, без русского патронимического суффикса. Это характерно для поздних заимствований, когда фамилию фиксировали в документах так, как звучало прозвище в устной речи. Если бы фамилия русифицировалась, она выглядела бы как Кунтуев или Кунтуов, но этого не произошло — и именно эта особенность делает Кунту ценной для историка: она сохранила исходную иноязычную форму.