Фамилия Кунтуган — один из тех случаев, когда на слух она звучит как русская, но при ближайшем рассмотрении оказывается иноязычной по происхождению. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ан указывает на тюркскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое бытовало у народов Поволжья, Приуралья или Сибири.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кунтуган» (или «контуган»). В башкирском, татарском и казахском языках «кун» означает «солнце» или «день», а «туган» — «рождённый», «родной». Таким образом, Кунтуган — это «рождённый в день солнца» или «солнцем рождённый». Подобные имена-обереги были распространены у тюркских народов: считалось, что имя, связанное со светилом, приносит удачу и защищает от злых сил. Встречается и другая трактовка: «кунтуган» могло быть географическим названием — так именовали местность, где «солнце встаёт», то есть восточный склон или возвышенность. Человек, живший в таком месте, получал прозвище по нему.

Фамилия Кунтуган — редкая и имеет чёткую региональную привязку. Она почти не встречается в центральных областях России, зато фиксируется в Башкортостане, Оренбургской области и среди татарских родов. Это подсказывает, что предки современных носителей фамилии могли быть башкирами, татарами или представителями других тюркских народов, принявшими христианство и русифицировавшими фамилию. В таком случае фамилия не меняла форму, а просто закрепилась в документах как есть.

С точки зрения словообразования, Кунтуган — это бессуффиксная фамилия, сохранившая исходное слово целиком. Это отличает её от большинства русских фамилий, где основа обрастала суффиксами принадлежности. Если бы фамилия адаптировалась по русской модели, мы бы получили Кунтуганов или Кунтуганович, но здесь этого не произошло. Вероятно, фамилия фиксировалась в переписях уже в XIX веке, когда тюркские имена и прозвища часто записывали без изменений, особенно у крещёных народов.

Из-за редкости фамилии Кунтуган в официальных источниках мало сведений о её сословной принадлежности. Можно предположить, что носителями были крестьяне или казаки, жившие на юго-восточных рубежах России. В некоторых документах XIX века встречаются записи о Кунтуганах среди тептярей — сословия, объединявшего нерусское население Приуралья, которое платило подати и несло военную службу. Это косвенно подтверждает тюркские корни фамилии.