Фамилия Кантуганова в своей основе содержит тюркский элемент, который выдает её происхождение. Скорее всего, она образована от мужского имени или прозвища Кантуган. Разбор этой основы даёт ключ к пониманию значения: слово «кан» в тюркских языках означает «кровь», а «туган» — «рождённый» или «родной». Таким образом, Кантуган можно перевести как «кровный родственник» или «единокровный». Это могло быть имя, данное ребёнку, чтобы подчеркнуть его принадлежность к роду, или прозвище, закрепившееся за человеком, который был особенно предан своему племени или семье.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов- (в женском роде — -ова), что типично для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались под русскую грамматику. Суффикс указывает на принадлежность: Кантуганова буквально означает «дочь (или жена) Кантугана». Мужской вариант — Кантуганов. Эта модель широко распространена среди народов Поволжья, Урала и Сибири, где веками происходило смешение славянских и тюркских культур.

Географически фамилия редкая. Её носители в основном встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это неудивительно: именно в этих регионах исторически жили башкиры, татары и казахи, у которых личное имя Кантуган (или близкие формы) было в ходу. В дореволюционной России многие тюркские народы получали фамилии именно по имени отца, и Кантугановы — типичный пример такой «патронимической» фамилии, закрепившейся в документах при переходе к оседлому образу жизни или после принятия православия.

Отдельного внимания заслуживает редкость основы. В отличие от часто встречающихся тюркских корней типа «бай» (богатый) или «яр» (друг), сочетание «кан-туган» встречается нечасто. Это делает фамилию своеобразным маркером: её носители, скорее всего, происходят из небольшой родовой группы, где это имя передавалось по традиции. В современных справочниках по ономастике фамилия Кантуганова не описана подробно, но по аналогии с фамилиями вроде Кантуевой или Тугановой можно уверенно говорить о её тюркском корне и прямой связи с понятием кровного родства.