Фамилия Капачинский — одна из тех, что выдают географическое, а не профессиональное или прозвищное происхождение. Суффикс -ский в русской ономастике чаще всего указывает на связь с местом: владельческий (дворянский) или топонимический вариант, образованный от названия населённого пункта. В данном случае основа «Капачин-» почти наверняка восходит к названию села, деревни или урочища Капачи, Капач или Капача. Такие топонимы встречаются в западнорусских и украинских землях, где суффикс -ин в названии населённого пункта (Капачин) давал фамилию для выходца оттуда — Капачинский, то есть «тот, кто родом из Капачина».

Корень «капач» или «капач-» неоднозначен. Первое, что приходит на ум, — связь с глаголом «капать»: капачом в некоторых говорах называли того, кто делает что-то по капле, медлительного человека, либо, наоборот, предмет, с которого капает (например, прохудившаяся посуда). Однако это скорее прозвищная версия, а фамилия на -ский обычно не образуется от бытового прозвища напрямую — для этого есть модели на -ов/-ев или -ин. Правдоподобнее, что «Капач» — это вариант тюркского имени или этнонима: в тюркских языках «капа» означает «большой», «крупный» (ср. казахское «капа» — огромный), а суффикс -ч указывает на принадлежность. В таком случае Капач — это прозвище крупного человека или, реже, название рода, от которого пошло село.

Сословный статус носителей фамилии Капачинский, скорее всего, был невысоким. В Российской империи фамилии на -ский часто давали священникам, получившим образование в семинариях, если их переводили по названию прихода, но для Капачинского это маловероятно: семинарские фамилии обычно образовывали от названий церквей или праздников, а не от мелких сел. Чаще такие фамилии закреплялись за однодворцами, государственными крестьянами или мещанами, переселившимися из одного села в другое и получившими прозвание по старому месту жительства.

Встречается фамилия в основном на западе России и в Украине, изредка фиксируется в Беларуси. В дореволюционных метрических книгах Капачинские попадаются среди крестьян Подольской и Волынской губерний. Ударение в фамилии, судя по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог: Капа́чинский, хотя в устной речи нередко смещается на третий — Капачи́нский, что может быть связано с диалектным произношением.