Фамилия Капачинских — редкий пример модели на -их/-ых, которая в русской ономастике закрепилась за северными и сибирскими говорами, а также за некоторыми казачьими территориями. Это не «чей?» (как Иванов), а «чьи будут?» — форма родительного падежа множественного числа, означающая «из семьи Капачинских». Такая конструкция указывает на родовую принадлежность и часто встречается в бывшей Новгородской земле, на Урале и в Сибири.

В основе фамилии лежит прозвище Капач. Его происхождение неоднозначно, и ономасты выделяют три основные версии.

Первая и самая вероятная связывает его с диалектным словом «капа, капь» — мерой хлеба или образцовой гирей. В этом случае прозвище Капач получал либо торговец зерном, отмерявший товар «капой», либо пекарь, работавший с хлебными мерами. Профессиональные прозвища — один из самых распространённых источников фамилий, так что эта версия выглядит наиболее убедительной.

Вторая версия отталкивается от слова «кап» — нарост на дереве. Такое прозвище могли дать человеку за коренастое телосложение, шишковатую фигуру или, в переносном смысле, за упрямство и «крепкую» натуру. Сравните с фамилиями Капов, Каплин — все они из того же образного ряда.

Третья версия — топонимическая. Прозвище Капач могло образоваться от названия населённого пункта (например, деревня Капачи, Капачево). В этом случае предок был выходцем из такого места, и его прозвали по месту жительства. Однако без привязки к конкретному географическому объекту эта гипотеза остаётся менее доказательной.

Формант -ин перед окончанием -ских (Капач-ин-ских) — это притяжательный суффикс, который встроился в модель: сначала появился Капача (чей сын?), затем Капачинские (чьи потомки?). Такая тройная суффиксация — признак долгой бытовой эволюции фамилии, а не искусственного канцелярского образования.

Таким образом, носитель фамилии Капачинских, скорее всего, происходит из семьи человека по прозвищу Капач — торговца хлебом, пекаря или, реже, коренастого крестьянина. Севернорусский или сибирский ареал бытования фамилии подтверждает её древнюю диалектную природу.