Фамилия Капацен — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет искусственное или книжное происхождение, а не восходит к крестьянскому прозвищу или ремеслу.

Словообразовательная модель указывает на нерусскую основу. Суффикс -ен здесь не является типичным русским патронимическим суффиксом (как -ов, -ин). В русских фамилиях -ен встречается редко и чаще всего в заимствованных или семинарских (искусственных) фамилиях. Корень «Капац-» может быть искажением или адаптацией иностранного слова.

Самая правдоподобная версия ведёт к латинскому capax (в родительном падеже capacis), что значит «ёмкий, вместительный, способный». В среде духовных семинарий XVIII–XIX веков было принято переводить фамилии учащихся на латынь или давать новые «говорящие» фамилии на латинской основе. Так, семинарист с фамилией Капацен мог получить её от преподавателя как характеристику его способностей («способный»). Подобные фамилии образовывали по модели латинских прилагательных на -is: от основы capac- добавляли русское окончание -ен (по аналогии с фамилиями типа Сперанский от spero — «надеюсь»). Вариант Капацен — калька с латинского capacior («более способный»).

Вторая версия, менее вероятная, — связь с итальянским или греческим корнем. В итальянском capace означает «способный», а суффикс -en мог появиться при русификации. Однако массовых итальянских переселений, давших такую фамилию, в истории России не было, поэтому эта гипотеза слабая.

Географически фамилия Капацен встречается крайне редко, в основном на юге России и Украине, что косвенно подтверждает её семинарское происхождение (духовные школы были распространены и в Малороссии). В дворянских родословных книгах она не значится, в крестьянской среде такие книжные фамилии почти не приживались — носителями чаще были священники, учителя, мещане.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Капацен, они, вероятно, происходили из духовного сословия или разночинцев, получивших фамилию в семинарии за свои умственные качества. Это не прозвище по ремеслу или внешности, а «интеллектуальная» фамилия, созданная искусственно.