Фамилия Капилюшева — женская форма фамилии Капилюшев, и её разговорный, почти бытовой суффикс -ев указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — Капилюш. Сразу бросается в глаза, что это нестандартная, редкая фамилия, и её корень не лежит на поверхности, как, скажем, у Кузнецовых или Ивановых.

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение от слова «каплюшка» (уменьшительное от «капля») или от диалектного «капелюха» — так в некоторых русских говорах называли шляпу, шапку с широкими полями, а иногда и просто неопрятный головной убор. Если это так, то прозвище Капилюш могли дать человеку за маленький рост (как капля), за привычку носить определённый головной убор или за неряшливость. Фонетически форма «Капилюш» вместо «Каплюш» могла возникнуть под влиянием акающих говоров (произношение «а» вместо «о») или как результат народной этимологии, когда слово подравнивали под более привычные окончания.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с украинским или белорусским словом «капелюх» (шляпа), что делает фамилию западнорусской или южнорусской по происхождению. В таком случае прозвище Капилюш могло относиться к ремесленнику, делавшему шляпы, или к человеку, который носил броский, заметный головной убор.

Суффикс -ев, а не -ов, подтверждает, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный (ш). Сама фамилия Капилюшев — довольно редкая, её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были особенно живучи и часто переходили в фамилии без изменений. В сословных списках XIX века такая фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном, возможно, даже деревенском бытовании.