Фамилия Каптюхин — редкий пример, где суффикс -ин указывает не на отчество от имени, а на прозвище, образованное через уменьшительную форму. Основа здесь — «каптюх», что в русских говорах означало мешок, куль, а также неловкого, мешковатого человека. Суффикс -юх- (как в «пастух» → «пастухин», но с другим значением) в данном случае придаёт слову пренебрежительный или уменьшительный оттенок. То есть Каптюх — это «маленький мешок» или, скорее, человек, которого так дразнили за неповоротливость или привычку носить просторную одежду.

Слово «каптюх» — диалектное, зафиксированное в северных и центральных областях России. В словарях Даля и Фасмера оно родственно «каптану» (вид одежды) и «капюшону», но в быту чаще относилось к хозяйственной утвари: мешок для зерна или корма. Поэтому фамилия могла появиться у крестьянина, который торговал мешками, или у мельника, но прозвищное значение «увалень» кажется более вероятным для личного имени.

Модель образования — отчество второго порядка: прозвище Каптюх → Каптюхин сын (то есть «сын того, кого звали Каптюхом»). Суффикс -ин, а не -ов, здесь типичен для основ на мягкий или шипящий согласный. Такая форма встречается в основном в северорусских и сибирских регионах, где фамилии на -ин вообще более распространены, чем на юге.

Географически Каптюхины — редкая фамилия. По данным современных переписей, она сосредоточена в нескольких областях: Кировской, Нижегородской, а также в Пермском крае. Это подтверждает севернорусское происхождение. Встречаемость низкая, что говорит о локальном бытовании прозвища.

Споров о происхождении почти нет. Единственная альтернатива — связь с тюркским «капты» (схватить, поймать), но это натяжка: фамилия чисто русская по словообразованию, и тюркская основа не дала бы суффикса -юх-. Поэтому версия с мешком-каптюхом — основная и самая правдоподобная.

Сравните с однокоренными фамилиями: Каптюгов, Каптюрев (от «каптюрь» — вор, мошенник в диалектах), Каптюшин. Каптюхин стоит особняком из-за суффикса -юх-, который редко встречается в фамилиях и делает её узнаваемой.