Фамилия Карабутов — один из тех случаев, когда за одним написанием могут стоять две совершенно разные истории. Первая и наиболее вероятная версия ведет нас в тюркский мир. Имя Карабут — составное: «кара» в тюркских языках означает не только «чёрный», но и «большой», «сильный», а «бута» переводится как «дитя». То есть Карабут — это «сильное дитя», «крепкий ребёнок». Такие имена давали с пожеланием здоровья и силы, и они были распространены среди татар, башкир, ногайцев и других тюркских народов. Суффикс -ов в фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Карабута». Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с тюркским именем Карабут, а его потомки обрусели и закрепили фамилию в форме Карабутовы.

Но есть и вторая, чисто славянская версия, которую тоже не стоит сбрасывать со счетов. В русских говорах существовал глагол «карабить» — «боронить», «рыхлить землю» (родственный слову «коробить»). От него могло возникнуть прозвище Карабут для крестьянина-землепашца. Такие «профессиональные» прозвища по роду занятий — обычное дело для русских фамилий: Кузнецов, Мельников, Плотников. Если принять эту версию, то Карабутов — потомок того, кто пахал землю. Эта гипотеза менее популярна среди ономастов, но она имеет право на существование, особенно если фамилия встречается в регионах с преобладанием русского населения и без выраженного тюркского субстрата.

С точки зрения географии, фамилия Карабутов не является массовой. Она встречается разрозненно: на юге России, в Поволжье, а также в некоторых областях Украины. Такая разбросанность как раз и говорит о том, что фамилия могла возникать независимо в разных местах — и от тюркского имени, и от русского прозвища. Спор между двумя версиями окончательно не разрешен, но первая, тюркская, выглядит убедительнее: имя Карабут фиксируется в документах XVII–XVIII веков, тогда как глагол «карабить» довольно редок и не породил большого числа однокоренных фамилий.