Фамилия Карабутовы — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается корень совсем другого происхождения. Её основа — восточное мужское имя Карабут, которое составное. Первая часть, «кара», в тюркских языках обычно означает «чёрный», но в составе имён нередко приобретала значение «большой» или «сильный». Вторая часть, «бута», переводится как «дитя». Таким образом, исходное имя Карабут означало «крепкое дитя» или «большой ребёнок» — типичное для тюркской традиции имя-оберег, которое давали, чтобы отвести от младенца злые силы.

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе Карабут добавили суффикс -ов, который изначально указывал на принадлежность: «Карабутов» — сын Карабута. Такие фамилии закреплялись за потомками выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев, которые переходили на русскую службу в XV–XVII веках. Многие нерусские дворянские роды в России вели начало именно от таких переселенцев, что и объясняет проникновение тюркских основ в русский именослов.

Есть и другая, более прозаичная версия: прозвище Карабут могли дать крестьянину от глагола «карабить» — «боронить». В этом случае фамилия указывала бы на род занятий предка-землепашца. Однако эта гипотеза слабее: глагол «карабить» редок и локально ограничен, а имя Карабут как тюркское зафиксировано в исторических документах, что делает первую версию убедительнее.

Независимо от того, какая из гипотез верна, фамилия Карабутовы — зримый след контактов славянской и степной культур, сохранившийся в русском языке до наших дней.