Фамилия Карабатовы происходит от прозвища Карабат. В его основе лежит слово «карабач» — так в старину называли кнут или плеть. Первый носитель прозвища мог быть пастухом, но не исключено, что прозвище закрепилось за человеком с жёстким или властным характером.

Есть и вторая версия: прозвище Карабат связывают с глаголом «карабить». Прямое значение этого слова — «боронить пашню», а переносное — «воровать, брать взятки». Получается, что предок Карабатовых мог быть либо землепашцем, либо человеком нечистым на руку. Оба варианта имеют право на существование, но первый (от «карабач») выглядит правдоподобнее: прозвища по орудиям труда или оружию давали чаще, чем по многозначным глаголам.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: фамилию дали по отцу, которого в народе звали Карабат. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Караба́тов. В русских фамилиях с суффиксом -ов ударение обычно остаётся на том же слоге, что и в исходном прозвище.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — процесс становления фамилий на Руси был долгим и шёл неравномерно в разных сословиях и регионах. Можно предположить, что фамилия Карабатовых закрепилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по профессии и характеру были особенно распространены.