Фамилия Караченковы (встречается также вариант Карачёнковы) — отчество второго порядка. Это значит, что её основа — не просто прозвище, а уже оформленная фамилия предыдущего поколения: Караченков — сын Караченко, внук Карача. Такая трёхступенчатая модель (Карач → Караченко → Караченков) типична для украинской и южнорусской традиции, где суффикс -енко обозначал «малого» или «сына», а -ов закреплял родовую принадлежность уже в великорусском варианте.

Сам корень Карач — тюркского происхождения. У него два основных значения. Первое: от слова «karaca» — «смуглый», «темноволосый». Так могли прозвать человека за цвет кожи или волос. Второе: от «qaracy» — «верный слуга», «наблюдатель» или «пехотинец». В тюркских языках это слово обозначало и стражника, и доверенное лицо. Обе версии правдоподобны, но первая (по внешнему признаку) встречается в основе фамилий чаще.

Вариант Карачёнков с суффиксом -ёнок указывает на иную географию. Если Караченков — это украинская или южнорусская модель, то Карачёнков — белорусская. Суффикс -ёнок (как и -онок) в белорусских фамилиях означает «сын» или «потомок»: Карачёнок — сын Карача. И уже от этого отчества образовалась фамилия с русским суффиксом -ов. Такое смешение моделей говорит о том, что носители фамилии жили на стыке культур — скорее всего, на территории современной Беларуси, Смоленщины или Брянщины.

Точное время возникновения фамилии не установлено, но процесс её формирования шёл несколько столетий. Прозвище Карач могло появиться ещё в XV–XVI веках, когда тюркские заимствования активно проникали в русский язык. Сама фамилия в её нынешнем виде закрепилась не раньше XVII–XVIII веков, когда фиксация отчеств стала обязательной.