Фамилия Карафинка — случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою звуковую форму. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, эта фамилия оканчивается на -ка, что сразу выдает её происхождение: перед нами не патроним (по отцу), а прозвище, которое закрепилось за человеком и стало родовым именем. Такие «прозвищные» фамилии встречаются реже и чаще всего имеют украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где суффикс -ка особенно характерен.

Основа фамилии — слово «карафинка». Скорее всего, это украинское или польское заимствование: «карафка» или «карафінка» — уменьшительное от «карафа» (графин, сосуд для напитков). В польском языке karafka — графин, а karafinka — маленький графинчик. Соответственно, прозвище Карафинка мог получить человек, который делал или продавал такую посуду, либо тот, кто часто носил с собой флягу-графинчик. В контексте питейных заведений XIX века так могли прозвать и целовальника (продавца в кабаке), и завсегдатая.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с диалектным «карафить» (кривить, гнуть, делать не прямо). Тогда Карафинка — человек с искривлённой осанкой или хромотой. Однако эта гипотеза слабая, потому что слово «карафить» крайне редкое, а «карафинка» в значении «графинчик» — прямое и очевидное.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в документах по Подольской, Волынской и Киевской губерниям. В России фамилия редкая и не имеет дворянских корней — это фамилия крестьян, мещан или ремесленников, у которых прозвище просто записали в метрику без переделки на -ов. Со временем написание могло колебаться: Карафинка, Карафінка, реже Карафинко (с украинским окончанием -о).

Если искать однокоренные фамилии, то логичнее всего сравнивать с Карафиным, Карафовым — они образованы от той же основы, но уже по русской модели. Карафинка стоит особняком: это не «чей-то сын», а сам человек, которого так прозвали. Именно в этом её ценность для историка — она сохранила звучание прямого прозвища, без фамильных суффиксов.