Фамилия Карахтанов — редкий случай, когда основа явно выбивается из привычного ряда ремесленных или крестильных имён. Её ядро — слово «карахтан», которое в русских говорах звучит неласково. В словарях Даля и областной лексики «карахтаться» (или «карахтать») означает «возиться, копаться, делать что-то медленно и неуклюже», а также «капризничать, ломаться». Прозвище Карахтан давали либо человеку медлительному и нерасторопному, либо, наоборот, тому, кто любил «ломать комедию» и манерничать. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркским «кара» (чёрный) и «хан» — но тогда фамилия писалась бы как Караханов, а не Карахтанов, да и суффикс -ан в тюркских прозвищах для русского уха нетипичен.

Модель образования проста: прозвище Карахтан + фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Карахтана). Это типичная «патронимическая» фамилия, каких большинство, но с нестандартной основой. В отличие, скажем, от фамилии Каратаев (от тюркского «каратай» — черноглазый), Карахтанов — явная диалектная русская фамилия, родившаяся не в дворянской среде, а в крестьянской или посадской.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям России. В переписях XIX века носители Карахтановых встречаются в Вятской, Костромской и Архангельской губерниях — именно там, где говор «окающий» и где слово «карахтаться» было в ходу. В южных регионах фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её севернорусское происхождение.

Социальный контекст прост: предки носителя фамилии — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, возможно, однодворцы. Никакого княжеского или боярского рода тут нет, и это нормально: Карахтановы — люди, получившие фамилию по уличному прозвищу, которое дал кто-то из односельчан. Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась — и сегодня звучит не как обидная кличка, а как редкий и характерный маркер русского Севера.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Карахтин и Карахтаев, но они образованы от других вариантов того же корня. Карахтанов стоит особняком: в нём слышен и говор, и быт, и, возможно, история про человека, который «карахтался» всю жизнь, но оставил свой след в фамилии.