Фамилия Каракойун — один из тех случаев, когда фамилия практически не нуждается в расшифровке: она напрямую указывает на тюркское происхождение. В основе лежит словосочетание «кара койун», что с тюркских языков (например, с азербайджанского или турецкого) переводится как «черная овца» или «черный баран». Такое прозвище в кочевой среде давали либо по цвету скота, который пас род, либо как метафору — темного, смуглого человека, либо в качестве тотемного имени, связанного с почитанием барана как символа силы и плодородия.

Словообразовательная модель проста: фамилия представляет собой чистое прозвище, записанное без русских суффиксов -ов/-ев или -ин. Это характерно для фамилий, которые возникли в среде тюркоязычных народов (азербайджанцев, турок, туркмен, каракалпаков), а затем были русифицированы только на уровне записи. Если бы фамилию оформляли по русской модели, получилось бы Каракойунов, но в данном случае окончание нулевое, что говорит о более поздней фиксации или о том, что носитель сохранил исходную форму.

Интересно, что название «Кара-Коюнлу» известно в истории как название крупного тюркского племенного союза и государства, существовавшего в XV веке на территории Закавказья и Ирана. Однако фамилия Каракойун не обязательно восходит к этому политическому объединению. Скорее всего, она бытовала у простых скотоводов, и в каждом роду «черная овца» была просто приметной мастью в отаре. В ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, тюркские фамилии без суффиксов описываются как «чистые прозвища», распространенные среди народов, не принявших русскую фамильную модель.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам бывшего СССР — Азербайджану, Ставрополью, Дагестану, а также встречается у турок-месхетинцев. Встречаются варианты написания Каракоюн и Кара-Койун, но форма Каракойун — самая лаконичная и близкая к произношению. В русских документах фамилия могла быть записана как Каракойунов, если предок проходил службу в казачьих войсках или получал паспорт в XIX веке. В целом, носитель этой фамилии почти наверняка имеет предков, связанных с кочевым скотоводством или овцеводством, и его фамилия — это прямое указание на масть барана, бывшего основой хозяйства.