Фамилия Карапупинцев — редкий пример того, как суффикс может перевесить корень. Если отбросить окончание -ев, остаётся основа Карапупинц-. А это уже не обычный патроним на -ов/-ев, а форма на -инц-/-енц-, которая в русских фамилиях встречается нечасто. Такие фамилии обычно указывали на принадлежность к группе людей или к местности: «чей-то сын» или «выходец откуда-то». Суффикс -инц- здесь — вариант -ец, усиленный притяжательным -ин. То есть Карапупинцев — это буквально «сын Карапупинца», а Карапупинец — человек, связанный с неким Карапупой или Карапупой.

Сам корень Карапуп- звучит игриво, но в русской ономастике это не шутка. Слово «карапуп» в диалектах могло означать «коротышка», «малыш» — от «карапуз» с заменой «з» на «п» под влиянием простонародной речи или детского лепета. В некоторых говорах «карапуп» — это ещё и вид гриба или нарост на дереве, но прозвище, скорее всего, дали человеку невысокого роста или круглому, как карапуз. Вторая версия — от тюркских корней: «кара» (чёрный) и «пуп» (боб, зерно) — могло быть прозвищем смуглого или черноволосого человека, но такое объяснение менее вероятно, так как фамилия явно русская по модели и суффиксам.

Географически фамилия Карапупинцев привязана к югу России: она встречается в документах по Воронежской, Ростовской областям и Краснодарскому краю. Это не случайно — именно в южнорусских говорах слово «карапуп» бытовало как прозвище. По сословию предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -инцев редко встречаются у дворян, которые предпочитали формы на -ов/-ев или -ский.

Интересно, что в XIX веке фамилию могли записать и как Карапупинцов — с окончанием -ов вместо -ев, но вариант с -ев закрепился, возможно, под влиянием церковнославянской традиции или из-за мягкости конечного согласного. Если искать однокоренные фамилии, то Карапузов или Карапупин — более простые и частые варианты, а Карапупинцев — их усложнённая форма, которая сохранила редкий словообразовательный оборот.