Фамилия Карегина — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. На первый взгляд она похожа на множество русских фамилий на -ин, образованных от женских имён или прозвищ. Но корень «карег» в русском языке отсутствует. Разгадка лежит в двух шагах от буквального прочтения.

Скорее всего, перед нами не исконно русская, а карельская или вепсская фамилия, русифицированная при записи. Основа — прозвище или имя Karhu, что по-карельски значит «медведь». В русских документах XIX века карельские фамилии часто искажались: звук «х» на стыке с русским суффиксом -ин мог перейти в «г» (Карехин → Карегин), либо произошла замена под влиянием южнорусского акающего произношения, где «о» и «а» не различались. Таким образом, Карегин — это «медвежий», «сын Медведя». Фамилия могла закрепиться за охотником, силачом или человеком с медвежьей повадкой.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Карега, связанного с названием народа «карелы». В этом случае фамилия означала бы «карел» или «выходец из Карелии». Однако для такой модели типичнее суффикс -ов (Карелов), а -ин указывает на прямое отношение к лицу: «чей?» — Карегин, то есть принадлежащий человеку с прозвищем Карега.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Тверская, Ленинградская, Вологодская области — именно те регионы, где исторически жили карелы и вепсы. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение.

В написании с буквой «е» во втором слоге (Карегина) нет ошибки: это закономерный результат адаптации иноязычного звучания к русской графике. Если бы фамилия была образована от русского слова «карега» (диалектное название повозки или саней), ударение падало бы на второй слог, а в карельской версии ударным остаётся первый.