Фамилия Калегина образована от прозвища Калега. Самая вероятная версия связывает его с рыболовной снастью: калегой называли сеть без мотни, которую ставили на ночь на мелководье для ловли ершей и сороги. Значит, предок мог быть рыбаком или мастером, делавшим такие сети. Это «профессиональное» прозвище — одно из самых распространенных в русской ономастике.

В новгородских говорах словом «калега» называли мокрый снег и слякоть. По этой версии прозвище могли дать ребенку, родившемуся в непогоду. В некоторых диалектах калега — это брюква, так что предок мог заниматься огородничеством и торговлей этим овощем. Обе альтернативы менее убедительны, чем «рыболовная», потому что прозвища по роду занятий встречаются в фамилиях значительно чаще, чем ситуативные или по названиям растений.

Фамилия оформлена по стандартной модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Калегин, то есть сын или потомок Калеги. Форма Калегина — женский вариант той же фамилии. В документах и переписи фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении, скорее всего, из северных или центральных областей России, где был распространён промысел сетями-калегами.