Фамилия Карекины образована от прозвища Карека, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому слову «кара» — «черный». Это одна из самых частотных основ в тюркских прозвищах, которая могла указывать на смуглый цвет кожи, темные волосы или даже на характер: «черный» в переносном смысле — «злой», «опасный». Такая же логика лежит в основе известных русских фамилий восточного происхождения: Тургенев — от «турген» (быстрый), Аксаков — от «аксак» (хромой), Булгаков — от «булгак» (беспокойный). Карекины стоят в том же ряду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карекин буквально означает «сын Кареки» или «человек из рода Кареки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и северных областях России, фамилии на -ин распространены более равномерно, но особенно характерны для регионов, где было сильно влияние тюркских языков — Поволжья, Приуралья, южных степей.

Корень «кара» дал множество однокоренных фамилий: Караев, Каримов, Каратаев, Карамышев. Карекины отличаются от них именно суффиксом -ек, который мог быть уменьшительным или пренебрежительным. То есть Карека — это не просто «черный», а скорее «чернявый», «чернушка». Такая форма прозвища могла закрепиться за конкретным человеком в небольшой общине, где важно было отличить его от других «черных» односельчан.

Точное время и место возникновения фамилии Карекин установить без генеалогических исследований сложно. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шел по-разному. Однако можно предположить, что предки Карекиных жили на территориях активного русско-тюркского контакта — например, в бывшем Казанском ханстве, на юге России или в Сибири. Там прозвище Карека могло возникнуть в XVI–XVII веках, когда русские служилые люди и крестьяне активно взаимодействовали с татарами, башкирами и другими тюркскими народами.