Фамилия Каргатов — редкий пример, где географическая привязка перевешивает прозрачность корня. В основе лежит тюркское слово «карга» — ворона. Но в отличие от более частых Каргиных или Вороновых, здесь сработала не просто прозвищная модель, а диалектная или топонимическая.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Каргатов — «сын Каргата». А вот Каргат — это не столько прозвище конкретного человека, сколько название реки Каргат в Новосибирской области, притока Чулыма. На её берегах стоит райцентр Каргат. Переселенцы с этих мест, получив фамилию по реке или городу, разнесли её дальше. Поэтому основная версия: предок носителя фамилии был выходцем с реки Каргат или из одноимённого села. Такая модель «по месту жительства» типична для XVII–XIX веков, когда крестьянам массово присваивали фамилии по названиям рек и населённых пунктов.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища Каргат, которое давали человеку с чёрными, как вороново крыло, волосами или сварливому, «каркающему» характеру. Но тюркское «карга» в чистом виде чаще давало фамилии Каргин, Каргаев, а форма с -т (Каргат) встречается в основном в сибирских говорах, где слово «каргат» означало не только ворону, но и «плут», «хитрец». В словаре В. И. Даля такое значение зафиксировано именно для сибирских диалектов.

Фамилия редкая, сословно не закреплённая. Встречается преимущественно в Сибири и на Урале, что подтверждает топонимическую версию. Дворянских родов Каргатовых в исторических документах не обнаружено — скорее всего, это крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде переселенцев, осваивавших Зауралье в XVIII–XIX веках.