Фамилия Кармагузин — редкий случай, когда в основе лежит не обычное русское прозвище, а сложное составное слово тюркского происхождения. Разбирать её нужно с конца, с суффикса. Формант -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кармагузин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кармагуза. Сама основа «Кармагуза» — это искажённое тюркское «карамагуз» или «карамагзы», где «кара» — «чёрный», а «магзы» (в разных диалектах) — «смысл», «суть», «зерно», либо «магзун» — «печальный», «грустный». Таким образом, прозвище могло означать «чёрная суть», «мрачный человек» или «тот, кто говорит загадками».

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде татарского или башкирского служилого сословия, которое в XVI–XVII веках активно входило в состав русского дворянства и получало поместья. Такие фамилии на -ин от тюркских основ типичны для юго-восточных уездов России (Казанская, Симбирская, Оренбургская губернии). В отличие от большинства русских фамилий, где суффикс -ин присоединялся к основе на -а/-я (Петя — Петин), здесь он добавлен к целому прозвищу, что подтверждает его позднее, уже обрусевшее оформление.

Встречается вариант написания Кармагузов — с заменой звонкого «з» на глухой «с» на конце, что характерно для устной передачи фамилии в диалектах, где оглушение согласных происходит постоянно. Оба варианта означают одно и то же: предок нёс прозвище, связанное с его характером или внешностью — «чернодум», «угрюмец». Никаких документальных свидетельств о знаменитых носителях фамилии нет, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, это фамилия крестьянская или однодворческая, не попавшая в столбцы родословных книг.