Фамилия Кармалинин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а заимствованное слово с неожиданной судьбой. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кармалинин сын), остаётся корень «кармал». Самое прямое объяснение — тюркское «кармак» (крючок, удочка) или «кармалы» (имеющий крючок). Но в русском языке слово «кармалик» или «кармала» не прижилось, а вот прозвище Кармала могли дать человеку с характерной внешностью — например, с крючковатым носом или цепкими, «загребающими» руками.

Интереснее другой вариант: калмыцкое «кермн» (белка) или тюркское «кермек» (горький, терпкий). Через диалектное «карма» — так в некоторых южнорусских говорах называли вид дикой вишни или терна. Тогда прозвище Кармала мог получить либо смуглый, «терпкий» лицом человек, либо тот, кто жил у зарослей терновника. Но это уже догадки: письменных источников по фамилии Кармалинин до XVIII века не сохранилось, а в переписных книгах она встречается поздно и редко.

Суффикс -ин, а не -ов, намекает на северное или восточное происхождение основы: в Новгородской, Вятской, Пермской землях чаще образовывали фамилии от прозвищ на -а/-я, а не от имён на -о. В современных базах Кармалинины сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и Кировской области — это подтверждает версию о тюркском корне, который попал в русскую среду через смешанные браки или торговые контакты.

Есть ещё одна, почти забытая версия: в церковнославянском «кармали» — искажённое «кармил» (от еврейского «Кармиэль» — «виноградник Божий»). Но это натяжка: фамилия явно не семинарская, а народная, и связь с библейскими именами тут случайная. Так что самый вероятный предок Кармалинина — человек с прозвищем Кармала, живший где-то на востоке или юге России, возможно, занимавшийся рыболовством (крючки) или собиравший дикие плоды. Фамилия осталась локальной, не стала дворянской и не попала в массовые справочники — именно поэтому её носители сегодня могут считать свою родословную редкостью.