Фамилия Кармалита — редкий случай, когда иностранное слово легло в основу русского родового имени, сохранив почти без изменений своё звучание. В её корне лежит латинское «carmelita» — название члена католического монашеского ордена кармелитов. Со временем гласная «е» в произношении перешла в «а», так и закрепившись в фамилии. Значит, предок носителя этой фамилии либо сам принадлежал к ордену, либо был тесно с ним связан: например, работал при монастыре, служил или попал в зависимость от кармелитов.

Орден кармелитов возник в XII веке, а своё имя получил от горы Кармел (Кармил) в Палестине. Название горы расшифровывается из иврита как «виноградник Бога»: «керем» — виноградник, «эль» — бог. В древности склоны Кармела действительно покрывали виноградники и масличные рощи, и гора символизировала плодородие и изобилие. Для иудеев, христиан и мусульман она священна — предание гласит, что в пещере на её склоне жил пророк Илия.

Фамилия Кармалита не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), поэтому она осталась в форме, близкой к исходному слову. Такие «чистые» фамилии обычно указывают на прямое прозвище или звание, а не на принадлежность к роду (как, например, Дьяк или Гетман). Географически фамилия встречается в основном на западе и юго-западе бывшей Российской империи — в областях, где было сильное католическое влияние (Белоруссия, Украина, Польша). Среди известных носителей — кинодраматург Светлана Игоревна Кармалита, написавшая сценарии к фильмам «Трудно быть богом», «Хрусталёв, машину!» и «Сказание о храбром Хочбаре».