Фамилия Картушин образована от прозвища Картуша, а суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: буквально «сын Картуши». О происхождении самого прозвища нет единого мнения, и это редкий случай, когда у фамилии прослеживаются сразу три совершенно разные смысловые линии.

Первая версия связывает Картушу с балтийскими языками. Ближайшая параллель — литовское kartuvės (виселица). В этом случае прозвище мог получить либо палач, человек, чья работа была связана с казнями, либо, напротив, отчаянный преступник, «висельник» по поведению. В пользу этой гипотезы говорит и эстонское kartus (страх, боязнь) — тогда Картушей называли пугливого или, наоборот, наводящего страх человека.

Вторая версия — профессиональная и совершенно иная по духу. В русских говорах словом «картуш» (от итал. cartoccio) называли виньетку, декоративный рисунок в начале или конце книги. Картушей могли прозвать художника, иллюстратора, переплётчика или мастера, делавшего игральные карты. Эта гипотеза менее мрачная и вполне конкретная.

Третья версия выводит прозвище из тюркского картсыну — «считать себя старым, чувствовать себя старым». Если это так, то Картуша — прозвище по характеру, данное человеку, который казался старше своих лет или любил рассуждать по-стариковски.

Из трёх версий наиболее правдоподобной выглядит первая, балтийская, поскольку она находит прямые лексические соответствия в соседних языках и объясняет прозвище через яркую, запоминающуюся черту — род занятий или поведения. Профессиональная версия (художник) слабее, так как слово «картуш» в значении «виньетка» было книжным и вряд ли стало бы массовым прозвищем. Тюркская гипотеза возможна, но требует дополнительных подтверждений в виде географического бытования фамилии.