Фамилия Касакова — это женская форма фамилии Касаков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель типична для русского Северо-Запада и Поволжья: основа на -к- плюс суффикс -ов (-ев). В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), Касаков образуется от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный. Но если бы основа была Касак — с ударением на второй слог, — это могло бы указывать на тюркское влияние, где «касак» означает «казак» или «вольный человек». Однако в русской ономастике более вероятна связь с глаголом «касаться» или с диалектным словом «касак» — так в некоторых говорах называли задиру, человека, который постоянно ко всему придирается или задевает других.

Есть и другая версия, которую поддерживает словарь русских фамилий: основа могла произойти от крестильного имени Касьян (от латинского Cassianus — «пустой, праздный»). В народной речи имя Касьян часто сокращали до Кас, Каса, а затем добавляли суффикс -ак (Касяк → Касаков). Этот путь образования — от имени через прозвище — один из самых распространённых для фамилий на -ов. Подтверждение находим в писцовых книгах XVI века, где упоминаются крестьяне и посадские люди с именами Кас, Касик, Касюк — все они вариации Касьяна.

Географически фамилия Касаков (и её женская форма Касакова) чаще всего встречается в Архангельской, Вологодской и Кировской областях, а также в Татарстане. Это объяснимо: на Русском Севере долго сохранялись архаичные формы имён и прозвищ, а в Поволжье — смешение с тюркскими корнями. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть независимо: у татар и башкир слово «касак» означало «воин» или «наёмник», и тогда Касакова — это русифицированная версия татарской фамилии Касаков.

Спорных версий здесь две, и обе имеют право на жизнь. Но наиболее правдоподобная — от имени Касьян через прозвище Касак. Тюркская версия слабее, потому что в русских документах фамилия фиксируется раньше массовых контактов с кочевыми народами, а на Севере, где она распространена, тюркского влияния почти не было. Так что предки носительницы фамилии Касакова, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище их родоначальника либо указывало на характер («задира»), либо на имя (Касьян).