Фамилия Кайшева — женская форма фамилии Кайшев. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени, которое дали по внешности, характеру или роду занятий. В ономастике здесь возможны два основных пути.

Наиболее убедительная версия связывает корень с тюркским словом «kaysa» — «обвал, оползень». Прозвище Кайша могли дать человеку тяжёлому, массивному, либо, напротив, тому, кто жил в неспокойной, оползневой местности. Вторая гипотеза опирается на южно-сибирские и среднеазиатские языки: в шорском «кайыш» означает «кожа», в киргизском — «гнуться, сгибаться» или «ремень». Тогда прозвище могло указывать на кожевника, шорника, либо на гибкого, увёртливого человека. Из этих двух версий первая (с «обвалом») правдоподобнее для фамилии, поскольку исходное слово «кайша» как личное прозвище встречается в документах XVII–XVIII веков у служилых татар и башкир, а вот «кайыш» чаще оставалось нарицательным названием ремня, не становясь устойчивым именем.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -а- добавили суффикс -ев-, указывающий на принадлежность («чей?» — Кайшев). Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного основы (в слове «Кайша» звук [ш] в древнерусском был мягким). В целом фамилия Кайшева — типичный пример того, как тюркское по происхождению прозвище адаптировалось в русской среде, получив фамильный суффикс и родовое окончание. Встречается она преимущественно в Поволжье, Оренбуржье и на юге Урала — в зоне давних контактов русского и тюркского населения.