Фамилия Казакеев образована от прозвища или имени Казакей. Её основа — тюркское слово «казак», которое в разные эпохи и у разных народов означало не только вольного воина, но и наёмного работника, батрака, а позднее — представителя казачьего сословия. Суффикс -ей в данном случае — это уменьшительно-ласкательная форма, характерная для тюркских языков (сравните с именами Аккей, Каракай, Мамакай). Таким образом, Казакей — это «маленький казак» или «казачок», ласковое прозвище.

Модель образования фамилии — русский патронимический суффикс -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. Казакеев буквально значит «сын Казакея». По своему типу эта фамилия стоит в одном ряду с такими как Ахметеев, Батыреев, Еникеев — то есть с фамилиями, возникшими в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, перешедших в православие и получивших русские фамилии по отцу.

География бытования фамилии подтверждает её происхождение. Казакеевы — нередкая фамилия в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. В этих регионах исторически смешивались тюркское и русское население, и фамилия могла возникнуть как у потомков служилых татар, так и у крестьян, чьи предки носили прозвище Казакей. Встречается вариант написания с одной буквой «к» — Казакеев, что является более поздней адаптацией, но исходная форма с удвоением не встречается.

В отличие от фамилии Казаков, которая прямо указывает на принадлежность к казачьему сословию, Казакеев — это именно прозвище по имени-характеристике. Оно могло закрепиться за человеком невысокого роста, бойким и удалым, или же за тем, кто работал «казаком» — то есть батраком, наёмным работником. В любом случае, основа фамилии не связана с этнической принадлежностью, а описывает социальную роль или личное качество предка.