Фамилия Казакаев образована по русской словообразовательной модели с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Казакай». Это, скорее всего, не прямая форма от слова «казак», а прозвище или имя Казакай. В русских говорах и в тюркских языках, с которыми русские соседствовали, суффикс -ай часто придавал имени ласкательный или уменьшительный оттенок (сравните: Матвей — Матюхай, Иван — Иванай). Таким образом, Казакай — это не «казак», а «маленький казак» или «казачок»: так могли в шутку назвать бойкого мальчика, сына казака, либо человека, который прислуживал казакам или подражал им.

Версия о прямом происхождении от слова «казак» с добавлением суффикса -аев маловероятна: от «казак» по правилам русского языка образовалась бы фамилия Казаков (или Казакин). Форма Казакаев указывает на промежуточное имя Казакай, которое бытовало в среде, где русская речь смешивалась с тюркскими влияниями, особенно на южных и восточных окраинах России, в казачьих областях. Встречается фамилия в Оренбуржье, на Урале, в Сибири — регионах, где формировались казачьи войска и шло активное взаимодействие с башкирами, татарами, казахами.

С точки зрения социального статуса, предок носителя этой фамилии мог быть как рядовым казаком, так и крестьянином, приписанным к казачьему сословию, или даже человеком, получившим прозвище за сходство с казаками. Фамилия недворянская, типичная для крестьян и казачества: в ревизских сказках и метрических книгах XIX века Казакаевы встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. В написании возможны варианты: Казакаев и реже Казакай (без суффикса -ев, по тюркскому образцу), но в современном русском языке закрепилась именно форма с -ев.