Фамилия Кабакаев — редкий случай, когда за основу взяли не имя, не профессию, а, скорее всего, прозвище, связанное с местом жительства или родом занятий. Если отбросить суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Кабак-. В русском языке слово «кабак» означает питейное заведение, но в тюркских языках, откуда оно заимствовано, «кабак» — это ещё и «тыква», «бахча», а также «ворота» или «дверь». Именно тюркская версия выглядит правдоподобнее для фамилии: в XV–XVII веках на Руси было немало выходцев из татарских и башкирских родов, и прозвище Кабак могли дать человеку, жившему у ворот (сторожу) или торговавшему тыквами.

Модель образования типична для русских фамилий, но с нерусской основой: суффикс -ев (после мягкой основы на -к-) присоединили к прозвищу Кабак, а затем добавили фамильный формант -аев, что встречается реже. В некоторых говорах «кабак» означало «шалаш» или «временное жильё», так что предок мог получить прозвище за то, что жил в лачуге. Альтернативная версия — от имени Кабак, которое бытовало у башкир и татар (например, Кабак-батыр), но документальных подтверждений массового использования такого имени нет.

География фамилии узкая: Кабакаевы встречаются в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на Урале. Это косвенно подтверждает связь с тюркским корнем. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется в среде государственных крестьян и мещан — то есть предки не были ни дворянами, ни духовенством. Сословная принадлежность типична для фамилий, образованных от бытовых прозвищ: «Кабакаев» звучало пренебрежительно для высших слоёв, но в крестьянской среде было обычным делом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Кабаков встречается гораздо чаще, а Кабакаев — более редкий вариант с тем же корнем, но другим суффиксом. Это не ошибка переписчиков, а самостоятельная модель, где -аев выполняет ту же роль, что и -ов: «сын Кабака». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются как фамилии тюркского происхождения, русифицированные через стандартные суффиксы.