Фамилия Кебенко — яркий представитель украинской фамильной модели на -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках массово вытеснял в Малороссии более древние формы на -ович/-евич, став практически национальным маркером. Поэтому первое, что можно сказать о носителе фамилии: его предок с большой вероятностью был выходцем с территории современной Украины, где такие фамилии к XIX веку получили едва ли не две трети сельского населения.

Корень «Кеб-» — самая спорная часть. В украинских говорах слово «кеб» не имеет ходового значения, но в некоторых западных диалектах «кеба» — это «клубок» или «моток», а также прозвище для неуклюжего, неповоротливого человека. Версия с прозвищем правдоподобна: в среде казачества и крестьянства внешние черты или повадки часто становились основой для родового имени. Менее вероятно, хотя и встречается в ономастике, происхождение от тюркского «кебе» — «войлочная кибитка»: такое прозвище мог получить кочевник или человек, торговавший войлоком, но для оседлого украинского населения это скорее редкость.

Интересно, что фамилия Кебенко почти не имеет однокоренных «двойников» за пределами Украины. В отличие от распространённых Коваленко или Шевченко, у неё нет версий с русскими суффиксами -ов или -ин, что говорит о поздней и локальной фиксации. В ревизских сказках XIX века Кебенко встречаются преимущественно в Полтавской и Черниговской губерниях — на землях, где казацкая старшина и крестьяне активно закрепляли фамилии именно через -енко.

Социальный статус предка мог быть разным: суффикс -енко не указывает на дворянство или духовенство, а скорее на свободное сельское или казацкое сословие. Если прозвище «Кеба» действительно имело ироничный оттенок, то родоначальник, вероятно, был простым человеком, которого в селе знали по характерной черте — неуклюжести или, наоборот, любви к мотанию ниток. В любом случае, фамилия Кебенко — это типичная «сыновья» фамилия, которая говорит о связи с конкретным человеком, а не с местностью или профессией.