Фамилия Кебин — редкий случай, когда прозвище почти наверняка перешло в фамилию без изменений, сохранив исходный суффикс -ин. В русской модели образования фамилий суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я (Петров, но Петин; Кузьма — Кузьмин). В фамилии Кебин основа «Кеб» — короткая, мужского рода, что для -ин нетипично. Это подсказывает: перед нами не отчество от полного христианского имени, а прозвище, застывшее в форме притяжательного прилагательного («чей?» — Кебин, то есть сын Кебы).

Само прозвище Кеба — тюркского происхождения. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «кэбэ» или «кебе» означает «войлочный шатер», «кибитка», а также «крытая повозка». Прозвище могли дать кочевнику, человеку, жившему в кибитке, или тому, кто делал такие повозки. Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного русского слова «кеб» (засохшая грязь, ком земли), но она плохо объясняет суффикс и распространение фамилии.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Кебины встречаются в Поволжье (Татарстан, Башкирия, Оренбургская область) и в Сибири, куда переселялись татары и башкиры. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной деревне или роде.

Иногда Кебиных путают с Кебами (украинская фамилия с ударением на последний слог) или Кебовыми, но это разные антропонимические гнезда. Фамилия Кебин не имеет отношения к немецкому «Köben» или польскому «Kębina» — это чисто тюрко-русский гибрид, где прозвище получило русский фамильный суффикс. Носителям фамилии стоит искать корни предков среди тюркских народов, принявших православие, или в среде русского крестьянства, контактировавшего с кочевниками.