Фамилия Кеденко звучит на южнорусский и украинский лад — суффикс -енко, характерный для восточной Украины и прилегающих областей России, указывает на происхождение от предка по имени или прозвищу Кед. В XVII—XVIII веках такие фамилии на -енко активно формировались в среде казачества и крестьянства, особенно на территории бывшей Гетманщины, Слобожанщины и Запорожья.

Основа фамилии — Кед — может восходить к нескольким корням. Самый прямой вариант: от имени или прозвища Кед, которое, в свою очередь, могло быть сокращением от редкого канонического имени Кедрон (от греческого «кедрос» — кедр) или же от мирского имени, связанного с деревом кедр. В народной среде «кедром» могли прозвать рослого, статного человека или того, кто торговал кедровыми орехами, смолой. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с диалектным глаголом «кедить» — процеживать, цедить; тогда прозвище Кед мог получить человек, занимавшийся изготовлением сит или процеживанием жидкостей, например, пива или браги.

Модель образования проста: к основе Кед прибавили патронимический суффикс -енко, означающий «сын Кеда» или «потомок Кеда». Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека по прозвищу Кед. Фамилия недворянская, народная, и её география сегодня охватывает в основном Украину (особенно центральные и восточные области) и юг России, куда фамилия попала вместе с миграцией украинского населения в XVIII—XIX веках.

Среди однокоренных фамилий — Кед, Кедов, Кедик, Кедюк. Все они объединены одной основой, но суффиксы указывают на разные регионы и эпохи: -ов — великорусский север, -юк — западноукраинский, -енко — восточноукраинский. Фамилия Кеденко не редкая, но и не массовая, что говорит о локальном распространении исходного прозвища в конкретной местности.