Фамилия Кергенцев — редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Кергенец. В основе лежит тюркское слово «керген», которое переводится как «семья». Скорее всего, прозвище давали человеку с большой семьёй, многодетному или тому, кто был главой многочисленного рода. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кергенцев буквально значит «сын Кергенца» или «потомок Кергенца».

Однако у этой фамилии есть и другая, географическая версия, которая кажется не менее правдоподобной. Керженец — это река в Нижегородской области, известная тем, что на её берегах в XVII–XVIII веках селились старообрядцы-беспоповцы. В народе их называли «керженцами». Фамилия Кергенцев может быть фонетическим вариантом от Керженцев — через замену «ж» на «г» и «е» на «е» в безударном положении. Такие искажения нередки в документах и устной речи. Если это так, то предок носителя фамилии был либо выходцем с реки Керженец, либо принадлежал к общине старообрядцев-керженцев.

Словообразовательная модель проста: основа Кергенец (прозвище или топоним) плюс типичный русский суффикс -ев, образующий фамилии от существительных на -ец. Встречаются также однокоренные фамилии Керженцев, Керженцов, Кергенов — все они восходят к тому же корню, но различаются региональными особенностями произношения. Географически фамилия Кергенцев тяготеет к Поволжью, особенно к Нижегородской и соседним областям, что косвенно подтверждает связь с Керженцем.