Фамилия Кершен — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она прибалтийского или финно-угорского корня, и у лингвистов есть как минимум две версии на этот счёт.

Первая и самая прямая отсылает к эстонскому слову kirss — «вишня». В этом случае прозвище Кершен мог получить человек, который выращивал вишнёвые деревья или торговал ягодами. Такие «растительные» прозвища были распространены у народов Прибалтики, где фамилии часто закреплялись за ремеслом или занятием.

Вторая версия ведёт в литовский язык. Там есть слово keršas — «пегий», «пятнистый», «рябой». Если основа литовская, то прозвище указывало на внешность: так могли назвать человека со следами оспы на лице или с необычным цветом кожи. В отличие от эстонской версии, которая говорит о профессии, литовская — чисто описательная, и её правдоподобие подкрепляется тем, что в балтийских языках такие прозвища давали очень часто.

Фамилия не содержит типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что подтверждает её иноязычное происхождение. Вероятнее всего, она попала в русскую среду через переселенцев из Эстонии или Литвы, либо через жителей западных губерний Российской империи, где балтийские и финно-угорские фамилии не переделывали на русский лад.

С географической привязкой сложно: Кершен не привязана к одному региону России, а встречается точечно. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки одной семьи или нескольких переселенцев, а не массового сословия. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по прозвищу.