Фамилия Кесаевы, как и многие фамилии народов Кавказа, образовалась от прозвища или имени Кесай. В основе лежит мужское имя Кесай, которое в свою очередь происходит от одного из нескольких возможных корней. Самая прямая версия связывает его с чеченским словом «кес» — «полоса скошенного хлеба или травы». В таком случае прозвище Кесай давали хлебопашцу или косарю, то есть оно указывало на ремесло основателя рода.

Есть и другие объяснения. Например, в карачаево-балкарском языке есть слово «кеси» — «собственноручно». Если имя пошло от него, то Кесаем могли прозвать человека самостоятельного, привыкшего полагаться только на себя. Третья версия отсылает к тюркскому «kesek» — «большой кусок земли». Здесь прозвище могло достаться крупному землевладельцу, владельцу надела.

Словообразовательная модель проста: к основе Кесай добавили русский патронимический суффикс -ев, характерный для фамилий, образованных от имен и прозвищ на -ай. Так появилась фамилия Кесаев, которая буквально означает «сын Кесая». Фамилия распространена среди осетин, чеченцев и ингушей, что объясняет смешение языковых корней в её этимологии.